Die lange Geschichte kann man auf Wikipedia nachlesen (Sedletz-Ossarium), hier die Kurzfassung:
Ein Abt der Kirche brachte heilige Erde von einer Reise mit und verteilte sie im 13. Jahrhundert auf dem Gelände der Kirche. Daraufhin wurde der Boden sozusagen "heilig", was bedeutete, dass es für einen Christen etwas Grossartiges sei, dort beerdigt zu werden.
Das "Problem" an der Sache: Die Pest wütete in Europa, es fanden Kriege und Scharmützel statt und wirklich sehr viele Menschen wurden im Verlauf der Jahrhunderte dort beerdigt (das Gelände ansich ist auch heutzutage noch weitaus kleiner als z.B. ein Fussballplatz!).
Bei einer Erweiterung der Kirche im 16. Jahrhundert wurden aus Platzgründen viele Knochen exhumiert und in der Krypta eingelagert.
Als im 19.Jahrhundert die Fürstenfamilie Schwarzenberg den Sakralbau erwarb, befanden sich im Keller der Kirche die Knochen von fast 40.000 Menschen! Die Familie beauftragte einen Zimmermann mit der Verarbeitung der Gebeine zu einer Innenausstattung für die Kirche. Aus den Knochen von ca. 10.000 Menschen entstand das "Sedletz Ossarium", welches auch schon als Kulisse für Filme, aber heutzutage überwiegend als touristische Attraktion dient.